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巴塘县疾病预防控制中心前身为1951年6月组织的巴塘县民族卫生大队,1960年4月成立为巴塘县卫生防疫站,2004年巴塘县委根据卫生部相关文件要求和国家疾病控制体制改革的指导意见,改名为巴塘县疾病预防控制中心。目前中心机构房屋总面积4300平方米,其中办公区占地面积1050平方米,包虫病康复中心占地面积2500平方米,实验室占地面积750平方米。
疾控中心编制30人,现有在编在职25人(其中专业技术人员22人,管理岗2人,事业工勤1人)。中级职称4人,初级职称21人。